Deanna, ex sergente dei marines, viene trovata carbonizzata nel capanno in cui viveva. La donna era stata congedata dopo un litigio con un'altra marine, Carlene Blayney (Gloria Garayua), la quale, interrogata da Booth e Sweets, rivela che Deanna era ossessionata dall'idea dell'apocalisse. Al laboratorio Bones analizza delle ferite sulla gamba della vittima che ricordano quelle subite dai soldati nel corso della Guerra Civile. L'antropologa si convince che l'arma del delitto potrebbe essere stato un cannone. Conclusione più che sorprendente ma che viene confermata da altri indizi scoperti da Hodgins. Il tutto porta i nostri a un certo "Dottor Apocalisse" che, guarda caso, fabbrica cannoni e preannuncia online la fine dei giorni. Nel frattempo, Sweets sembra aver trovato l'appartamento dei suoi sogni. Forse anche perché avrà come coinquiline due ragazze molto affascinanti. Per Booth e Bones vedere il loro "piccolino" spiccare il volo non sarà facile...