Ben vuole liberare Gwen e Max dalle grinfie del Dr. Animo, il super cattivo, ma attiva accidentalmente il meccanismo di autodistruzione dell’ Omnitrix. Per fortuna, con l’aiuto di Tetra, Ben e Gwen riescono a entrare nello spazio cosmico alla ricerca del creatore dell’Omnitrix per cercare di salvare l’universo dalla distruzione.