Il dottor Male, malefico e cinico potente con ambizioni di dominio sul mondo, vuole vendicarsi di Austin Powers. Così, grazie alla macchina del tempo, torna nel 1969. Il suo obiettivo è quello di sottrarre a Austin il segreto della sua invincibilità: si tratta di un liquido magico chiamato 'mai più moscion'. Incalzato dalla modella Pompilova, Austin si vede sottrarre il suo portafortuna e subito decide di tornare nel 1969 per riprendersi il maltolto. Intanto Male minaccia di distruggere Washington e le altre capitali con il laserone, se le sue richieste non saranno esaudite. Austin e l'agente Felicity arrivano sull'isola del dr. Male, dove vengono arrestati. Austin allora si trova di fronte all'alternativa se salvare il mondo o Felicity. Con un'improvvisa mossa nel tempo, si materializzano due Austin Powers. La stazione di Male si autodistrugge, e si torna al 1999. Ma, ancora dal 1969, il dottor Male dice che non è finita.