La terza stagione di SUPERMAN & LOIS si apre settimane dopo la sconfitta di Superman contro Ally Allston. Clark e Lois lavorano insieme alla Smallville Gazette e si godono la vita della piccola citta'. Ma la felicita' romantica dei Kent non fa altro che mettere in luce quanto possa essere isolante "il segreto", dato che Chrissy lotta per bilanciare un nuovo interesse amoroso e la sua amicizia con Lois. Tuttavia, l'equilibrio tra lavoro e vita privata di Lois viene messo alla prova quando un incarico sotto copertura rivela un nemico mortale che promette di cambiare per sempre la famiglia Kent. Superman muoverebbe il cielo e la terra per la sua famiglia, ma con un cattivo cosi' spietato, anche questo potrebbe non essere sufficiente. Nel frattempo, i ragazzi Kent si trovano ad essere trascinati in direzioni opposte. In mezzo a questo sconvolgimento, John Henry e' perseguitato dal passato del suo doppelgänger, con conseguenze pericolose per lui e Natalie.