Un gruppo di ribelli guidati da un misterioso profeta si impadronisce di Paradise City, la capitale di Nimbus III, il Pianeta della Pace Galattica, e prende come ostaggi alcuni consoli della Federazione dei Pianeti Uniti, dell'Impero Romulano e dell'Impero Klingon. La nave stellare Enterprise, al comando del capitano Kirk, viene inviata su Nimbus III per liberare gli ostaggi, ma i ribelli riescono ad impadronirsene e a dirottarla verso il centro della Galassia.
Il loro capo è Sybok, fratellastro di Spock. Egli nasce sul pianeta Vulcano, figlio dell’influente Ambasciatore vulcaniano Sarek e di un'influente principessa, con la quale il padre era sposato prima di Amanda Grayson.
Prima di diventare quello che è, Sybok studiò le più antiche tradizioni della sua civiltà, distinguendosi con onore per la spiccata intelligenza ma presto rifiutò l’educazione tradizionale alla Logica imposta da Surak in favore dell’emozione, contravvenendo in tal modo alla millenaria filosofia vulcaniana e ottenendo l’esilio dal suo pianeta nativo.
Egli è alla ricerca di un pianeta perduto, che nella tradizione vulcaniana è chiamato Sha Ka Ree (il paradiso terrestre), dove spera di incontrare finalmente Dio.
All'arrivo sul pianeta, accompagnato dai riluttanti ufficiali dell'Enterprise, Sybok scopre che l'entità confinata su quel piccolo mondo è tutt'altro che una benevola deità, ma una malvagia creatura lì imprigionata, che cerca di avere la meglio sugli uomini della Federazione per evadere dalla sua inconsueta prigione.
Con il sacrificio di Sybok, Kirk e i suoi uomini riescono ancora una volta a salvare la vita e andare verso nuove avventure. E' il quinto film della saga cinematografica.