La Hammersley accompagna due agenti federali sull'isola dove lavorava la scienziata deceduta in cause poco chiare. Kate sospetta che la collega della biologa sia in qualche modo coinvolta nell'accaduto. Durante il viaggio viene individuata per caso una boa attrezzata con tecnologie sofisticate, forse usata per il traffico di droga, e Flynn decide di mettersi alla ricerca dei trafficanti.