Ritroviamo Jane e Maura esattamente dove le avevamo lasciate al termine della precedente stagione. Jane ha sparato a Paddy Doyle, il mafioso padre naturale di Maura, intervenuto inopinatamente nel corso di un'operazione di polizia e ora Doyle versa incondizioni disperate. Anche l'agente Dean e' rimasto ferito. Maura e' furiosa: l'amicizia con Jane sembra compromessa per sempre. Come se non bastasse, Jane finisce al centro di un'indagine degli Affari Interni: la dinamica dei fatti non convince e Jane viene sospettata di aver protetto il padre di Maura. Si cerca il libro paga di Doyle, sul quale compaiono certamente i nomi di tutti i poliziotti corrotti. Intanto scoppia un nuovo caso: l'agente Wally Wisniewski viene barbaramente trucidato durante una rapina in un negozio. Una rapina piuttosto strana, visto che Wally lavorava all'Archivio Prove. Ed e' proprio li' che viene trasferita Jane, rimossa dalla Squadra Omicidi, in seguito a un litigio con Maura. Inaspettatamente nell'archivio Jane trova la traccia giusta per smascherare il poliziotto corrotto...