Il sottufficiale Wassner, marinaio irreprensibile, in attesa di andare in congedo temporaneo, viene trovato morto sulla USS Allegiance. Wassner si è impiccato lasciando tanto di biglietto d'addio. L'ipotesi del suicidio è avvalorata anche da altre due tragiche morti, avvenute a bordo nelle settimane precedenti. Caso chiuso? Tutto il contrario. I primi esami della scientifica aprono un'altra strada: omicidio. Le indagini portano a un certo Bradshaw, l'uomo, però, si trova in infermeria, ferito dopo un incidente. Come avrebbe potuto uccidere Wassner? Il mistero si infittisce. Nel frattempo, Callen e Anna iniziano a organizzare le nozze e Sam (LL Cool J) ha un conversazione "cuore a cuore" con la figlia.