Episodio crossover con la serie "madre" N.C.I.S.. L'agente speciale DiNozzo (la guest star Michael Weatherly) collabora con l'N.C.I.S. Los Angeles per setacciare la città dopo che un suo prigioniero, Rio (interpretato dall'attore Bobby Lee), è fuggito dopo l’atterraggio di un volo da Singapore a Los Angeles. I rapporti tra DiNozzo e i membri della squadra di L.A. non sono del tutto idilliaci. Sam e Deeks, in particolare, non sembrano amarlo. Sam non digerisce il suo atteggiamento e Deeks si irrita al suo flirtare con Kensi. Tony, da par sua, non sa esattamente come comportarsi con Hetty. Il tutto rende la cooperazione non semplice. Nel frattempo, Granger chiede a Eric di trovare più informazioni possibili sull'indagine degli Affari Interni, le cui motivazioni, però, rimangono ancora oscure. In che cosa è stato coinvolto Deeks?