Il corpo di Miguel Barbosa (Gary Perez), boss del cartello della droga messicano, viene trafugato dall'obitorio di Tijuana in circostanze a dir poco sospette. La squadra viene chiamata in causa perché si teme la presenza di una talpa all'interno della task force che si era occupata del caso Barbosa. Sam e Callen si rivolgono all'agente speciale John Ness (James MacDonald), che, negli ultimi dieci anni, è rimasto alle calcagna di Barbosa. Purtroppo Ness non sarà di grande aiuto: l'uomo viene, infatti, ucciso nel suo ufficio con una dose di veleno. Le cose sembrano andare meglio a Kensi e Deeks che, a Tijuana, riescono a localizzare un informatore, Javier Ramos (Zach Villa), losco figuro molto vicino al boss. Grazie al lui, i nostri intuiscono che Barbosa è ancora vivo e vegeto...