Il team NCIS è alla ricerca dell'ex compagno di Sam, Mark Ruiz (la guest star Anthony Ruivivar). L'uomo è sospettato di aver utilizzato un esplosivo che ha causato la morte di alcune persone. Ruiz stava lavorando sottocopertura per l'ATF (Bureau of Alcohol, Tobacco, Firearms and Explosives). La sua missione era entrare in contatto con dei pericolosi trafficanti per mettere le mani su una nuova arma. Ma, a quanto pare, durante la transazione qualcosa deve essere andata storta. Purtroppo le apparenze sono contro Mark. Immagini lo immortalano mentre si allontana con i soldi che avrebbe dovuto dare ai trafficanti. Sam è certo che il suo ex partner sia innocente. Ha lavorato con lui per oltre un anno, prima di incontrare Callen. Mesi in cui ha potuto conoscere bene Mark e la sua famiglia. Nonostante le sue convinzioni, Sam esegue gli ordini e, insieme a Callen, riesce a mettere Ruiz sotto custodia. Gli altri della squadra, però, non possono fare a meno di chiedersi se l'amico stia riponendo la sua fiducia nella giusta persona.