Callen riesce a sapere per chi lavora Anna (Bar Paly), ossia Joelle. Anna adesso è Cuba ed è in contatto con Joelle la quale, dalle ultime notizie ricevute, capisce che la situazione è precipitata e che Anna ora è in pericolo. La squadra dell'NCIS decide di andare a recuperarla e insieme a Joelle va Cuba in una missione non autorizzata. Traditi da un uomo della CIA all'Avana, Joelle e Callen vengono catturati da Volkoff e portati in un bunker segreto dove Callen incontra suo padre...