A quanto pare Flynn, un agente di sicurezza privato che opera in Iraq per conto del governo americano, ha ucciso l'importante uomo d'affari iracheno (da poco giunto a Los Angeles) che doveva proteggere ed è sparito nel nulla. Essendo Flynn un ex marine, il caso diventa subito di competenza dell'NCIS. Callen e Hanna capeggiano la ricerca del principale sospettato dell'omicidio. Ma la verità si rivelerà ben altra...