Richard Booth, ex ufficiale, da poco in pensione, di una squadra d'élite impegnata nella guerra contro il terrorismo, viene trovato morto. L'uomo, che a quanto pare stava progettando di tornare in Medio Oriente in qualità di cacciatore di taglie, ha subito evidenti torture. L'indiziato numero uno è il figlio, Brandon, che non fa nulla per nascondere un profondo odio nei confronti di un padre assente. I sospetti contro di lui traballano quando due delinquenti di origine afghana entrano in un ristorante e tentano di ucciderlo proprio mentre Callen e Sam lo stanno interrogando. Purtroppo nel corso della sparatoria Brandon scompare. Nel frattempo, Hetty, Deeks e Kensi si occupano di interrogare Jafar Khan, informatore del Governo degli Stati Uniti, protetto da immunità diplomatica, che ha spesso collaborato con Booth aiutando la sua unità nella lotta contro i terroristi...