Callen e Sam sono scomparsi. Il resto della squadra si mette immediatamente sulle loro tracce, ma sembrano essere svaniti nel nulla. Impossibile tracciare il gps dei telefoni. Anche l'uso del satellite appare inutile. Fortunatamente ci sono degli indizi che portano i colleghi a scoprire che i due stavano verificando una soffiata che aveva segnalato la scomparsa di un analista dell’NSA. Kensi e Deeks raggiungogno l'ultimo posto in cui si ha la certezza della presenza di Sam e Callen e si trovano di fronte al luogo del rapimento. Kensi teme subito il peggio, ma Deeks cerca di rassicurarla: non ci sono tracce di sangue. Per i loro amici deve esserci ancora speranza. Nel frattempo, Sam e Callen riescono a liberarsi dalla cella in cui erano tenuti prigionieri e scappano. I due si trovano ben presto di fronte a una recinzione elettrificata. Mentre discutono sul da farsi, qualcuno li raggiunge. L'uomo sostiene di essere stato a sua volta rapito. Si tratta di Martin Samir (Jaylen Moore), l'analista che i nostri stavano cercando.