Nella speranza di recuperare Sam e Deeks, profondamente segnati dalla terribile esperienza vissuta, Hetty chiede l'aiuto di una vecchia conoscenza della squadra: lo psichiatra Nate Getz (Peter Cambor). Mentre i colleghi cercano di recuperare il loro equilibrio mentale, il resto della squadra lavora a un caso che, inizialmente, appare solo un tragico incidente aereo. Ma, ben presto, appare chiaro che di incidente non si è trattato, bensì di sabotaggio. A bordo, infatti, c'erano William Gardner, ex ammiraglio della Marina che ha giocato un ruolo fondamentale nella guerra al terrorismo, e Jason Carter, un giornalista che si stava occupando di scrivere una sua biografia. Qualcuno, evidentemente, non voleva che il libro venisse pubblicato. Ma chi?