Emergenza antrace per l'NCIS di Los Angeles: un giovane immigrato messicano risulta contaminato. La squadra si mette al lavoro e, grazie al padre del ragazzo, scopre un tunnel sotterraneo tra il Messico e gli Stati Uniti. Tutto ha inizio quando un pickup non si ferma al posto di controllo del confine. Il veicolo si schianta contro una recinzione e il guidatore scappa, lasciando in auto un passeggero. Il giovane presenta sintomi preoccupanti e viene immediatamente trasferito al più vicino ospedale della Marina. Il mattino seguente la squadra viene convocata e informata su quanto accaduto al confine, vicino a Camp Pendleton. Si è trattato di un attacco bioterroristico. Per rintracciare il fornitore dell'antrace, Sam e Callen dovranno andare sottocopertura (fingendosi proprietari di un chiosco ambulante di panini) a Tijuana, in Messico, e nell'operazione verranno affiancati dall'agente speciale Paula Fuentes (Angelique Cabral). Nel frattempo, rimasti a Los Angeles, Kensi e Deeks si recano all'ospedale per cercare informazioni sul paziente zero, la cui identità rimane ancora sconosciuta. Il giovane è purtroppo in coma, ma sul suo braccio sinistro sono stati scritti numeri e lettere che potrebbero portare i nostri sulla giusta strada.