Un giorno come tanti, i nostri sono impegnati in operazioni di routine. Poi arriva un messaggio: un agente ha bisogno di aiuto. Hetty non risponde alle chiamate. Nell riferisce che le telecamere alla casa sul porto sono disabilitate. Callen fa un sopralluogo. I nostri riescono ad avere un'immagine dall'interno. Hetty è seduta su una sedia. Ma non è sola. C'è un uomo in completo scuro con lei. Callen entra. Chiama Hetty, le chiede se sia tutto ok. Lei non si muove e gli risponde "domandalo a lui". Il lui in questione è Owen Granger (Miguel Ferrer), mandato dalle alte sfere dell'N.C.I.S. per controllare l'operato di Hetty e della squadra... C'è subito una missione da compiere. Un agente, Brad Bolton, è morto. Insieme alla moglie la vittima lavorava in un laboratorio di ricerca collegato al Dipartimento di Difesa. Hetty trova subito la donna che fa al caso loro: questa volta tocca a Nell lavorare sotto copertura...