Sam e Callen si recano sul luogo dove devono incontrare Ella Desai (Parminder Nagra, "E.R.", "The Blacklist"), un'informatrice della CIA della cui sicurezza sono stati incaricati. La loro missione si intreccia con quella di una vecchia conoscenza, Jemadar Thapa (Ernie Reyes, Jr., visto nella puntata della quinta stagione "Assalto all'arma bianca"), arrivato su suolo americano per riportare Ella in patria. La situazione si complica quando interviene un terzo incomodo, un cecchino, che spara a Sam. Hanna deve essere immediatamente ricoverato in ospedale e portato in sala operatoria. Mentre si teme per la sua vita, Hetty decide di unire le forze con Thapa. Callen, nel frattempo, cerca di capire di quali vitali informazioni sia in possesso Ella, agendo sul suo senso di colpa e dicendole che Sam è morto. Tra Deeks e Kensi, infine, c'è il primo litigio il che porta lei a domandarsi se il loro rapporto non stia evolvendo troppo in fretta.