Dopo un’operazione andata in porto con successo, un’esplosione manda in pezzi un furgone operativo, uccidendo tre agenti dell’FBI. Le indagini conducono la squadra a un pakistano, Shah, a quanto pare in cerca di vendetta per l'arresto di suo nipote proprio nel corso di un'operazione del Boureau. Nel frattempo, Kensi e Deeks scoprono che il loro segreto è venuto allo scoperto. Quali saranno le reazioni dei loro colleghi? Come se non bastasse, Deeks viene messo sotto indagine dal Dipartimento di Polizia di Los Angeles. Le motivazioni, però, rimangono ancora ignote...