Una coppia di Marines viene aggredita all'uscita da un night-club. Di questi due uno viene ucciso, e l'altro viene lasciato in fin di vita. L'NCIS viene chiamata ad indagare, e l'indagine porta la squadra a Stillwater, Pennsylvania, la città natale di uno dei due Marines ed anche di Gibbs. La ricerca li conduce al proprietario di una miniera ed alla sua famiglia. Sua figlia è stata l'ex fidanzata del Marine ferito. Quando la squadra scopre che il Marine ferito è effettivamente il figlio del proprietario della miniera, l'indagine si rivolge al genero di quest'ultimo, che si scopre essere il mandante dell'attacco ai due Marines. Sempre nella sua città, il team di Gibbs scopre il padre del loro capo, esplora il suo passato e le origini del suo rapporto con la sua prima moglie, Shannon, madre della sua unica figlia, Kelly, entrambe uccise molti anni prima.