Un giovane marine viene brutalmente assassinato nel suo garage. Sull'arma del delitto la Scientifica trova le impronte del sergente Jack Vale, il superiore della vittima. Tuttavia Gibbs, Di Nozzo e Ziva non riescono a interrogarlo perchè Kale è entrato nel programma "Protezione Testimoni" poiché è il testimone chiave di un processo su una persona accusata di omicidio. L'indagine viene quindi coordinata dall'FBI ed affidata all'agente federale Fornell. La squadra NCIS si vede così costretta ancora una volta a lavorare contro Fornell.