Indagando sull'omicidio di un marine che prestava servizio in un centro governativo di studi e analisi delle strategie militari popolato da ragazzi prodigio, l'N.C.I.S. scopre un traffico di segreti militari. Gibbs e i suoi uomini devono proteggere la vita di un ragazzino di 12 anni che potrebbe essere il prossimo bersaglio del killer.