Il gruppo terroristico che ha ferito Gibbs sta preparando un altro attentato e la squadra del N.C.I.S., capitanata da Tony, continua ad indagare per fermarlo. Intanto Gibbs, che avrebbe importanti informazioni acquisite durante la missione, continua non ricordare nulla degli ultimi 15 anni. Per aiutarlo a ritrovare la memoria torna, dal Messico, una vecchia conoscenza di Jethro: il suo mentore Mike Franks che ha lasciato il servizio nel 1996.