Gibbs è impegnato in una importante missione: scoprire le modalità di un possibile attentato alla flotta. Durante l'indagine rimane vittima di una potente esplosione ma, sebbene sia ancora vivo, cade in un coma profondo, durante il quale ricorda gli avvenimenti avvenuti molti anni prima quando sua figlia Kelly e la prima moglie Shannon furono uccise. Al suo risveglio crede ancora di essere nel 1991 durante la campagna di “Desert Storm”. La squadra dell'NCIS, sotto il comando di Tony, deve mettere da parte la preoccupazione per Gibbs e trovare i colpevoli.