La squadra indaga sulla morte di un agente dell'FBI in incognito, trovato morto all'interno di uno spazio utilizzato dalla marina come bersaglio per le esercitazioni di bombardamento. Mentre perlustrano la zona, gli uomini dell'NCIS trovano i resti di altri cadaveri. Fornell rivela a Gibbs che la vittima era un agente infiltrato nel clan mafioso dei Napolitano e che molto probabilmente e' stato tradito da una talpa all'interno dei federali. Questi ultimi sospettano di Fornell (che i Napolitano stanno cercando di incastrare) e lo arrestano. Gibbs si offre di aiutarlo ad individuare la talpa: arresta il figlio del boss Napolitano e simula il suicidio in carcere di Fornell, quindi organizza un incontro con il boss promettendogli il rilascio del figlio in cambio del nome della talpa. Gibbs si presenta insieme all'agente FBI responsabile dell'indagine contro i Napolitano: l'incontro e' una trappola...