La squadra NCIS rimane coinvolta in uno scontro fra gang nel corso dell'indagine sulla morte di un Marine, trovato ucciso sul tetto di un edificio abbandonato con accanto il numero di matricola di Gibbs, scritto col sangue. Il passato torna così a tormentare Gibbs. L'indagine conduce ad un tentativo di furto di armi militari per rifornire una gang. Gibbs chiede aiuto a Franks e affronta un altro capitolo del suo passato...