Durante un turno di sorveglianza con la polizia metropolitana, Higgins, il partner di Torres scompare misteriosamente. L'N.C.I.S., coinvolta nelle indagini, scoprirà nuove prove relative a un omicidio di dieci anni prima. Nel frattempo, a Edimburgo, Ducky riceve un'offerta molto alletttante che, però, comporterebbe il dover lasciare la squadra.