Partecipando al memoriale per il Capitano Phillip Brooks (Don Lake), un amico scomparso in mare, Gibbs scopre che l'uomo, in realtà, è vivo e vegeto. Scampato a un attentato alla sua barca messo in atto da ignoti, l'ufficiale, dopo aver raggiunto la riva, è rimasto prudentemente nascosto. Brooks chiede a Jethro di aiutarlo a scoprire chi lo voglia morto. Nel frattempo, a fronte dell'addio di Abby, in laboratorio arriva la sua sostituta, Kasie Hines (Diona Reasonover). Riuscirà a integrarsi nel gruppo?