Gli agenti di Gibbs rischiano la vita indagando su un misterioso decesso avvenuto sulla nave militare "Chimera" che effettua ricerche top secret nelle profondità marine. Il team arrivato sull'imbarcazione la trova deserta. Ducky analizza un cadavere rinvenuto da Gibbs e scopre che la causa di morte è una febbre emorragica virale. Tutto il team rischia il contagio...