Il tenente Michael Arnett sale su un tetto di un palazzo deciso a suicidarsi. Gibbs e i suoi intervengono per dissuaderlo e proprio quando Arnett si decide a scendere un cecchino gli spara, uccidendolo. La squadra, insieme a Nikki, una giovane analista dell'NCIS, inizia ad indagare. Arnette era impegnato in una missione contro un gruppo di Al Qaeda in Africa e Abby scopre che gli era stato somministrato un medicinale di cui non aveva bisogno...