Gibbs e i suoi uomini indagano sulla bizzarra morte di un Capitano del controspionaggio. La sospetta vita privata dell'ufficiale potrebbe nascondere la ragione per la quale l'uomo è stato ucciso: l'NCIS pensa che la sua morte potrebbe essere collegata alla torbida vita privata. Le indagini si concentrano sulla sparizione di un microprocessore segreto e su una misteriosa donna cubana.