Finale di stagione. Nel giorno del matrimonio di Kono e Adam, una minaccia nucleare mette a rischio la vita di tutti. Tutto ha inizio in Nord Dakota. Un convoglio militare viene attaccato e il leader degli assalitori si impadronisce di una testata atomica. L'uomo vorrebbe raggiungere una determinata zona degli Stati Uniti, ma, quando il pilota dell'aeero gli dice che non è possibile atterrarvi, cambia idea e si dirige alle Hawaii. La sua folle missione è far esplodere l'ordigno al centro di Waikiki per dare inizio a un nuovo conflitto mondiale. La five 0, una volta scoperto il suo piano riesce a trovare la bomba, ma non a disinnescarla. McGarrett e Danny decidono così di metterla su un elicottero e gettarla in mare aperto per salvare migliaia di persone innocenti. Chin, infine, si ritrova faccia a faccia con Gabriel Waincroft...