La quinta e ultima stagione riprende dagli eventi nefasti dell'ultimo episodio della scorsa stagione in cui nell'anno 2036 il mondo e' governato dagli osservatori. Il team di Fringe - conservati nell'ambra da 20 anni - si e' trasformata in una squadra di resistenza ribelle che combatte per la liberta'. Peter, riunito con la figlia ormai adulta, Henrietta (guest star Georgina Haig).