Uno sceriffo trova un bambino che cammina solo lungo una strada. Decide di portalo in centrale per cercare di identificare e contattare i genitori. Improvvisamente il bambino si trasforma in una creatura deforme. Mentre gli agenti pensano cosa fare del bambino, altre due persone deformi entrano nella centrale, uccidono i poliziotti e prelevano il bambino. La divisione Fringe arriva sul posto per investigare. Walter si ricorda di un esperimento fatto molti anni prima nella città e scopre che le persone nascondono le deformità agli occhi grazie ad un impulso elettromagnetico. Infatti le deformità sono state causate da esperimenti fatti in passato; l'impulso le rende invisibili agli occhi. Se, però, gli abitanti si allontanano dalla città, dove l'impulso non è presente, le deformità diventano visibili. Gli abitanti sono disposti a tutto per mantenere il loro segreto, incluso uccidere Olivia e Peter. Vengono salvati da qualcuno che non vuole più fare del male a chi scopre il segreto. La divisione decide di mantenere la città segreta, in modo che i residenti possano continuare a vivere una vita normale.