La squadra indaga su due casi di omicidio di ex-agenti del traffico in pensione che vengono uccisi con delle bombe. Si scopre ben presto che le vittime lavoravano sotto copertura per la cosiddetta Squadra Fantasma, un gruppo all'interno dell'antiterrorismo creato dopo l'11 settembre. Remy e i suoi riescono ad identificare i dinamitardi: sono due, padre e figlia. La loro sete di vendetta e' inarrestabile e sta per colpire da vicino un membro della squadra: il padre di Cannon era stato coinvolto suo malgrado nelle torture di un prigioniero di nome Kemal. Intanto Cora si laurea e accetta la proposta di Cannon di vivere insieme.