Daniel Bardot, recluta dell'Accademia di Polizia, viene ucciso da un colpo di arma da fuoco. Il killer si è preso la briga di togliere il proiettile dal cadavere. Per Beckett non ci sono dubbi: tanta precauzione indica solo una cosa, l'arma è sicuramente inserita nel database della balistica. Le indagini portano Beckett, Ryan ed Esposito in luoghi e situazioni cari alla loro memoria. I nostri vengono affiancati dal sergente Ortiz, mentore della vittima (e vecchio mentore di Beckett che, come scopriamo, già ai tempi dell'addestramento era una "leggenda"). Questi dichiara che Bardot, uno dei migliori, ultimamente aveva avuto un calo nel suo rendimento, da lui imputato a "problemi personali". Sono questi problemi ad averlo portato a una morte prematura? La recluta, orfana dei genitori (perduti in tenera età) era cresciuta a Hunts Point, quartiere in mano alla mafia irlandese. Quando si scopre che la pistola che ha sparato appartiene alla fornitura dell'Accademia e, in modo specifico, era assegnata alla squadra di Bardot, appare chiaro che solo i membri della Compagnia 38 avrebbero potuto entrarne in possesso. A Beckett non rimane che continuare le indagini sottocopertura. Nel frattempo, Castle, dopo lunghe esitazioni, prende una decisione che avrà profonde conseguenze sia per lui che per Kate.