In questa puntata ritroviamo il diabolico Christopher Pelant (la guest star Andrew Leeds). La puntata si apre su Angela e Hodgins, a letto, che vengono svegliati dal pianto del figlio Michael. I due sembrano essere stati drogati. Di sicuro sono sconvolti nel vedere un corpo umano sul baldacchino del loro letto! Petali di fiori si trovano nel lettino di Michael. Chi è entrato in casa loro? Angela chiama Temperance e Booth che arrivano di tutta fretta. Dopo qualche discussione, si decide di portare il cadavere in laboratorio. Cam, Angela e Brennan scoprono che si tratta di un uomo arruolato nelle forze speciali. L'agente Flynn non ha dubbi, la vittima è Xavier Freeman. Booth e Sweets si recano all'appartamento di Freeman. C'è una cassaforte aperta, stracolma di armi, ma non militari. Booth capisce che l'uomo stava lavorando per la Serberus, una specie di esercito privato. Insieme a Flynn, Booth fa visita all'ufficio della Serberus, ma vengono gentilmente fatti accomodare fuori. Quando Booth chiede a Caroline un mandato, la procuratrice gli risponde che non hanno abbastanza prove...