Danny e Baez indagano sul rapimento di Jenna Wallace (Gabriella Palminteri), 10 anni, scomparsa da scuola solo qualche ora prima. Danny affronta il caso in modo particolarmente emotivo. Sette anni fa, infatti, non era riuscito a trovare Allie (Leanne Agmon), la figlia di Joseph Scott (Patrick Breen), e il detective non ha alcuna intenzione di fallire nuovamente. Inizialmente si sospetta del padrino della bambina, in passato accusato di abusi. In seguito, però, un indizio porta la polizia sulle tracce della bidella della scuola, la signora Galecki. Nel frattempo, Frank discute con Kelly Petersen (Bebe Neuwirth) riguardo al programma di intelligence segreto che segue gli agenti all'estero. Kelly vorrebbe renderlo pubblico, ma Frank è, ovviamente, contrario, uscire allo scoperto potrebbe minare l'efficienza del progetto. I due, dopo lunghe discussioni, arriveranno a una soluzione di compromesso. Erin, infine, durante un processo, si trova ad affrontare una difficile decisione.