Nel suo ufficio, Frank riceve un video via email. Un uomo con il volto coperto annuncia di aver rapito Bobby Mulrow (Brendan Griffin) e propone uno scambio, la vita del detective, appena tornato da una missione in Malesia, missione durata ben due anni, in cambio della liberazione di Abdul Sayid (Louis Ozawa Changchien) al momento in custodia al Dipartimento di Polizia di New York. Frank non ha vie d'uscita: se Abdul non tornerà a casa sano e salvo per Murlow è finita. Poco dopo Frank si incontra con un'agente della CIA, Anne Reynolds (Michelle Hurd), a capo della sezione del Boureau in Malesia. Scopriamo che Abdul è il fratello di Omar Sayid, noto trafficante in armi e droga. Bobby era impegnato proprio a fermare l'organizzazione di Sayid. La Reynolds non sembra incline ad accettare lo scambio. I Sayid sono noti per la loro efferatezza. Non hanno mai negoziato, i prigionieri hanno sempre subito la medesima sorte: l'esecuzione. E Bobby potrebbe già essere morto. Frank, però, non vuole arrendersi e chiede a Danny e a Croft (Teddy Sears), un detective che ha lavorato al caso Malesia, di indagare autonomamente. Riferiranno solo a lui...