Sono passati cinque anni dall'ultima avventura. Il piccolo Ben Tennyson è ora un teenager. Messo da parte l'Omnitrix, il ragazzo conduce una vita normale. Fino a quando Elena, una sua vecchia amica, non lo mette in guardia: una nuova razza aliena, gli Highbreed, è giunta sulla Terra con intenzioni a dir poco minacciose. L'intera stirpe umana è in pericolo. Il padre di Elena, Validus, così come il nonno del ragazzo, Max, membro della squadra per la difesa per la Terra, sono già entrati in azione. Purtroppo da qualche giorno di loro non si hanno più notizie. Per Ben è giunto il momento di tornare in azione. Al suo fianco, oltre a Elena, ritroviamo gli amici e alleati di sempre: Gwen e Kevin.